Директорат је координатор сарадње са Европском комисијом у области ваздухопловства. Интензивна сарадња се одвија како на билатералним, тако и мултилатералним основама, а повод за исту представљају Споразум између Србије и Црне Горе и Европске заједнице о одређеним аспектима ваздушног саобраћаја (тзв. Хоризонтални споразум) и Мултилатерални споразум између Европске заједнице и њених држава чланица, Републике Албаније, Босне и Херцеговине, Републике Бугарске, Републике Хрватске, Бивше Југословенске Републике Македоније, Републике Исланд, Републике Црне Горе, Краљевине Норвешке, Румуније, Републике Србије и Мисије привремене управе Уједињених нација на Косову (у складу са Резолуцијом Савета безбедности УН 1244 од 10. јуна 1999) о успостављању Заједничког европског ваздухопловног подручја (тзв. ECAA споразум.)
ECAA споразум је, у име Владе Републике Србије, потписан 29. јуна 2006. године, а Народна скупштина Републике Србије ратификовала га је 13. маја 2009. године. Овај споразум је ступио на снагу на међународном плану 1. децембра 2017. године.
ECAA споразум представља први међународни споразум Републике Србије, као самосталне државе, након распада Државне заједнице Србија и Црна Гора. Република Србија је овим споразумом преузела обавезу да усагласи домаће прописе са прописима Европске заједнице у областима ваздухопловне безбедности, обезбеђивања у ваздухопловству, управљања ваздушним саобраћајем, руковођења аеродромима, заштите потрошача, либерализације ваздухопловног тржишта, контроле државне помоћи и заштите животне средине.
Комплексна и интензивна сарадња остварена је са Генералним директоратом за мобилност и транспорт Европске комисије - DG MOVE, који је задужен за праћење примене наведених споразума. Осим тога, као национални координатор за примену ECAA споразума, Директорат остварује сарадњу и са свим министарствима и телима Републике Србије која су, по основу Споразума, задужена за примену истог и координира и програмима техничке помоћи, коју Европска комисија пружа у циљу правилне примене ECAA споразума.
Европске интеграције
Значајан део својих активности Директорат је усмерио на остваривање стратешког циља Републике Србије – приступање Европској унији. При утврђивању приоритета за доношење прописа водило се рачуна о спровођењу Акционог плана за испуњавање препорука Европске комисије садржаних у годишњим извештајима о напретку Републике Србије у процесу европских интеграција.
Посебна пажња посвећена је сарадњи са националним институцијама задуженим за европске интеграције у циљу испуњења обавеза које простичу из ECAA споразума и Споразума о стабилизацији и придруживању, а односе се на област ваздушног саобраћаја.