Iz naknada za koje je Zakonom o vazdušnom saobraćaju Republike Srbije propisano da se plaćaju Direktoratu;

Dela naknada koje se plaćaju u skladu sa Multilateralnim sporazumom o rutnim naknadama ili drugim potvrđenim međunarodnim ugovorima i dela terminalnih naknada, utvrđenih godišnjom troškovnom bazom na ime izvršavanja regulatornih i nadzornih poslova;

Naknade koju, za unapređenje vazdušnog saobraćaja, plaćaju svi putnici u javnom avio-prevozu u odlasku, posredstvom operatera aerodroma;

Naknade koju, za unapređenje vazdušnog saobraćaja, plaćaju korisnici vazduhoplova po toni prevezene pošte i robe u avio-prevozu u odlasku, posredstvom operatera aerodroma;

Ostalih izvora, u skladu sa zakonom. Propis Direktorata o visini naknada za koje je ovim zakonom određeno da se plaćaju Direktoratu, visini naknade koju plaćaju svi putnici u javnom avio-prevozu u odlasku i visini naknade koju plaćaju korisnici vazduhoplova po toni prevezene pošte i robe u avio-prevozu u odlasku stupa na snagu po pribavljenoj saglasnosti Vlade.