Директорат обезбеђује средства за обављање послова из свог делокруга на више начина :
-
Из накнада за које је Законом о ваздушном саобраћају Републике Србије прописано да се плаћају Директорату;
-
Дела накнада које се плаћају у складу са Мултилатералним споразумом о рутним накнадама или другим потврђеним међународним уговорима и дела терминалних накнада, утврђених годишњом трошковном базом на име извршавања регулаторних и надзорних послова;
-
Накнаде коју, за унапређење ваздушног саобраћаја, плаћају сви путници у јавном авио-превозу у одласку, посредством оператера аеродрома;
-
Накнаде коју, за унапређење ваздушног саобраћаја, плаћају корисници ваздухоплова по тони превезене поште и робе у авио-превозу у одласку, посредством оператера аеродрома;
-
Осталих извора, у складу са законом. Пропис Директората о висини накнада за које је овим законом одређено да се плаћају Директорату, висини накнаде коју плаћају сви путници у јавном авио-превозу у одласку и висини накнаде коју плаћају корисници ваздухоплова по тони превезене поште и робе у авио-превозу у одласку ступа на снагу по прибављеној сагласности Владе.
Директорат не користи средства из буџета Републике Србије :